Unsur pimpinan terdiri Rektor dan Wakil Rektor. Tugasnya memimpin dan membantu penyelenggaraan pendidikan, penelitian, pengabdian kepada masyarakat, dan membina tenaga kependidikan, mahasiswa, dan tenaga administrasi institut, serta hal-hal terkait dengan lingkungannya.
Pimpinan IAIN Purwokerto masa bakti 2015-2019 adalah sebagai berikut.
Rektor
Dr. H. A. Luthfi Hamidi, M.Ag. |
||
 Drs. H. Munjin, M.Pd.I. |
 Drs. H. Asdlori, M.Pd.I. |
 H. Supriyanto, Lc., M.S.I. |
