Pengertian unsur-unsur Lambang IAIN Purwokerto :
1. Atap paling dasar melambangkan IMAN (Menjadi Perguruan Tinggi yang UNGGUL dalam ILMU)
2. Atap lapis kedua melambangkan IHSAN (Menjadi Perguruan Tinggi yang UNGGUL dalam BUDAYA munuju masyarakat berkeadaban)
3. Atap paling atas melambangkan ISLAM (Menjadi Perguruan Tinggi yang UNGGUL dalam AGAMA)
4. Masjid degan 3 atap berundak bergaya arsitektur Jawa (budaya): menjadi dasar 3 segitiga bentuk logo
5. Tiga susunan segitiga mengarah ke atas: menunjukkan keteguhan dan unggul dalam ilmu, islam, dan budaya.
6. Tiga bentuk segitiga yang berwarna kuning emas yang menamcapkan 6 sudutnya ke tanah (bumi) melambangakn rukun iman.
7. Kesuksesan dalam ( Iman, Islam & Ikhsan) Ilmu, Islam & Budaya. Sebagaiman Rasulullah SAW sukses menyampaikan Risalahnya/ Ilmunya, dari masjid sebagai sumber transformasi keilmuan dan membangun masyarakat.
8. Tulisan IAIN PURWOKERO menunjukkan identitas nama dan tempat dengan warna hijau: malambangakn aspek natural/alami, kedaimaian, kesejahteraan, dan berkeadabaan.